2004年1月放送。第二シリーズ。新たにストーリーコンセプトに押井守を迎え制作された。主に「個別の11人事件」とそれに続く「出島事件」を扱っている。
第1話 再起動
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第2話 飽食の僕（日本テレビ系列未放送）
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第3話 土曜の夜と日曜の朝
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第4話 天敵
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第5話 動機ある者たち
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第6話 潜在熱源
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第7話 狂想は亡国の調べ
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第8話 素食の晩餐
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第9話 絶望という名の希望
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第10話 イカレルオトコ
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第11話 草迷宮
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第12話 名も無き者へ
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第13話 顔
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第14話 左眼に気をつけろ
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第15話 機械たちの午後
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第16話 そこにいること
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第17話 修好母子
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第18話 天使の詩
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第19話 相対の連鎖
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第20話 北端の混迷
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第21話 敗走
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第22話 無人街
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第23話 橋が落ちる日
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第24話 出島、空爆
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第25話 楽園の向こうへ
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第26話 憂国への帰還 (終)
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